L'Eremo fu fondato con ogni probabilità dello stesso San Francesco (1213).
Le sue origini però risalgono al 1000, quando già alcuni eremiti vi si erano insediati. Dipendeva dai benedettini di San Benedetto in Fundis di Stroncone e comprendeva varie grotte e la Chiesetta di San Silvestro.
Ancora oggi rimane luogo di intensa religiosità, i frati minori da settembre 1933, hanno impostato la fraternità del Sacro Speco secondo le indicazioni che San Francesco dava ai frati che volevano vivere negli Eremi: vita contemplativa vissuta come apostolato.
Luogo di intenso fascino naturalistico e spirituale dove sono inserite le semplici ricostruzioni d'epoca dell'Eremo. Vi sono interessanti affreschi del trecento nella Chiesa, nel chiostro, nella cappella di San Silvestro.
Il viale della processione sale fra gli alberi al rifugio di San Francesco.
Lo Speco è formato da una spaccatura, lunga 60 m, nella roccia che scende a precipizio nella valle sottostante.
In tutto il complesso monastico vige la clausura, tranne nella foresteria e nei locali aperti al culto pubblico.
La giornata si articola secondo i tempi della liturgia ecclesiale dalle ore 6.30 fino all'una di notte.
Messe feriali alle 18.00 e festive alle 11.00-18. Durante la preghiera sono sospese le visite al chiostro, i frati invitano i devoti ad unirsi alla preghiera e a mantenere sempre il necessario raccoglimento.
Si festeggia San Francesco il 4 ottobre. Nel cuore della notte per pregare” è il tradizionale pellegrinaggio a piedi da Narni allo Speco francescano di Sant’Urbano che, in occasione della festa di san Francesco, viene proposto dai giovani della diocesi e dai frati francescani e al quale partecipano un centinaio di pellegrini che percorrono a piedi i 15 chilometri che separano Narni dallo Speco francescano. Un cammino silenzioso intervallato da preghiere e canti lungo la strada che si snoda tra i boschi.